吐鲁番个别少数民族有自己的语言文字（有的语言文字为几个民族所通用）。多年来，吐鲁番地委、行署为依法保障各民族使用和发展自已的语言文字，采取了许多行之有效的措施，使少数民族语言文字受到社会尊重，并得到广泛使用。目前，吐鲁番地区以汉语和维吾尔语为主要语言。  

在新疆范围内通用维吾尔、汉两种语言文字，在各自治州、自治县都使用实行区域自治民族的语言文字和汉语文；在新疆自治区人民代表大会期间，使用维吾尔、汉、哈萨克、蒙古、柯尔克孜5种语言文字。  

以吐鲁番为代表的西域地区，是人类四大文明即中华文明、印度文明、伊斯兰文明、古希腊罗马文明汇聚的地方，也是古代世界宗教最为活跃的地方。根据最新的研究发现，吐鲁番历史上共使用过24种语言、18种文字，如梵文、突厥语、波斯语、叙利亚语等，这些语言文字大多在几百年前乃至几千年前就已经消逝，被学术界称之为“语言化石”。